나뭇잎 교과서

대장균 형질 전환

해파리의 초록 형광 유전자를 대장균에 넣으면, 받아들인 세균만 골라 키우고 자외선 아래에서 빛나게 할 수 있습니다. 어떤 평판에서 무엇이 자라야 형질 전환이 되었다고 말할 수 있을까요?

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대장균 형질 전환

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대장균에 앰피실린 저항 유전자와 해파리의 형광 단백질 유전자를 실은 플라스미드를 섞고, 얼음과 42 °C 물중탕을 오가는 열 충격을 주었다. 이 대장균을 앰피실린이 든 배지에 뿌렸더니 하룻밤 뒤 군체가 120개 자랐고, 아라비노스까지 든 배지의 군체는 자외선 아래에서 초록빛으로 빛났다. 플라스미드를 넣지 않은 대장균은 앰피실린 배지에서 하나도 자라지 않았다. 120개는 많은 것일까? 넣은 플라스미드 가운데 얼마나 세포 속으로 들어갔을까?

대장균배지결과알려 주는 것 플라스미드 없음LB전체가 덮임세포가 살아 있음 플라스미드 없음LB + 앰피실린없음항생제가 작동함 플라스미드 넣음LB + 앰피실린군체 120개형질 전환된 세포 플라스미드 넣음+ 아라비노스군체가 빛남형광 유전자 발현
그림 1. 대조 배지와 함께 보아야, 앰피실린 배지의 군체가 플라스미드를 받은 세포라는 것이 분명해진다.
먼저 알아야 할 것유전자 발현, 제한 효소와 재조합 DNA(제한 효소), 세균의 생장.

5.6.1살아남은 세포만 센다

형질 전환은 세포가 바깥의 DNA를 받아들여 새로운 형질을 얻는 것이다. 대장균은 보통 DNA를 잘 받아들이지 않지만, 염화 칼슘으로 처리해 막을 느슨하게 하고 짧은 열 충격을 주면 일부 세포가 플라스미드를 받아들인다. 그런데 받아들인 세포는 겉으로 구별되지 않으므로, 플라스미드에 앰피실린 저항 유전자를 함께 실어 둔다. 앰피실린 배지에서는 플라스미드를 받은 세포만 살아남아 군체를 이루므로, 군체 하나가 형질 전환된 세포 하나에서 시작된 것이다.

정리 5.6.1 형질 전환 효율

형질 전환 효율은 플라스미드 DNA 1 μg당 생긴 형질 전환 군체의 수이다. \[\text{효율} = \frac{\text{군체 수}}{\text{뿌린 부피 속 플라스미드의 양 (μg)}}\] 뿌린 부피 속 플라스미드의 양은 넣은 양에 (뿌린 부피 ÷ 전체 부피)를 곱해 구한다.

형광 단백질 유전자는 아라비노스가 있을 때만 켜지도록 조절 장치와 함께 실려 있다. 그래서 같은 형질 전환 세포라도 아라비노스가 없는 배지에서는 빛나지 않고, 있는 배지에서만 빛난다. 이것은 세균이 필요한 때만 유전자를 켜는 조절의 원리를 보여 준다. 대조 배지가 없으면 군체가 자라지 않은 까닭이 형질 전환의 실패인지, 세포가 죽었기 때문인지 가릴 수 없다.1

5.6.2무균 조작과 안전

배지는 영양이 풍부해 공기 중의 세균이나 곰팡이도 잘 자라므로, 불꽃 근처에서 멸균한 도구로 다룬다. 실험에 쓰는 대장균은 사람에게 병을 일으키지 않는 실험실 균주이지만, 다 쓴 배지와 도구는 멸균한 뒤 버린다. 열 충격은 정확히 50초 안팎으로 하고 곧바로 얼음에 옮기는데, 너무 길면 세포가 죽고 짧으면 플라스미드가 덜 들어간다. 군체를 셀 때는 서로 붙은 군체를 둘로 셀지 정해 두고, 너무 많아 셀 수 없으면 묽혀 뿌린다.

양값 넣은 플라스미드, 전체 부피0.080 μg, 0.51 mL 뿌린 부피 속 플라스미드0.080 × 0.10/0.51 ≈ 0.0157 μg 형질 전환 효율120 ÷ 0.0157 ≈ 7.7 × 10³ /μg
그림 2. 군체 수를 뿌린 부피 속 플라스미드의 양으로 나누어 효율을 구한다.

5.6.3예제 풀이

예제 5.6.2

플라스미드 0.080 μg을 대장균과 섞어 전체 0.51 mL로 만들고, 그 가운데 0.10 mL를 앰피실린 배지에 뿌려 군체 120개를 얻었다. 형질 전환 효율을 구하여라. 4000 bp 플라스미드 한 분자의 질량이 약 \(4.4 \times 10^{-18}\) g이라면, 뿌린 플라스미드 분자 가운데 몇 분의 1이 군체를 만들었는가?

뿌린 부피 속 플라스미드는 \(0.080 \times 0.10/0.51 \approx 0.0157\) μg이므로 효율은 \(120/0.0157 \approx 7.7 \times 10^3\) 군체/μg이다.

0.0157 μg은 \(1.57 \times 10^{-8}\) g이므로 플라스미드 분자는 \(1.57 \times 10^{-8}/(4.4 \times 10^{-18}) \approx 3.6 \times 10^9\)개이다. 군체가 120개이므로 약 3000만 분자에 하나꼴로 세포에 들어가 군체를 만들었다. 형질 전환은 아주 드문 사건이지만, 항생제 선택 덕분에 그 드문 세포만 골라 키울 수 있다. 즉 형질 전환은 저항 유전자로 성공한 세포를 골라내고, 군체 수를 DNA의 양으로 나눈 효율로 그 성공률을 비교한다.

아래 탐구 카드에서 대장균에 플라스미드를 넣는 형질 전환을 하고, 대조 배지와 함께 결과를 해석해 효율을 구해 보자.

  1. 형질 전환은 1928년 영국의 그리피스가 폐렴균에서 처음 관찰했다. 죽은 독성 균의 무언가가 살아 있는 무독성 균을 독성으로 바꾸었는데, 1944년 에이버리가 그 물질이 DNA임을 밝혀 DNA가 유전 물질이라는 첫 증거가 되었다.
마무리

형질 전환은 세포가 바깥의 DNA를 받아들여 새 형질을 얻는 것으로, 플라스미드에 항생제 저항 유전자를 함께 실어 항생제 배지에서 형질 전환된 세포만 군체로 자라게 하고, 대조 배지로 결과를 해석한다. 형질 전환 효율은 군체 수를 뿌린 부피 속 플라스미드의 양으로 나누어 구한다. 처음 질문의 군체 120개는 효율 약 \(7.7 \times 10^3\) 군체/μg으로, 플라스미드 3000만 분자에 하나꼴로 들어간 셈이다.

탐구 1

해파리 유전자를 넣은 대장균만 골라낼 수 있을까?

실험 · 대장균 형질 전환 · 선택 배지와 형질 전환 효율
열 충격

평판 네 개에 무엇이 자랄지 먼저 예측하세요.

pGLO(암피실린 저항성 유전자 bla, 아라비노스가 있을 때만 켜지는 GFP 유전자)를 쓰는 학교 실험 키트의 과정을 따른 모형이다. 플라스미드 0.08 μg/μL를 10 μL 넣고 전체 510 μL 가운데 100 μL를 평판에 펼친다고 보았다. 효율은 학교 실습에서 흔히 보고되는 10²~10⁴ /μg 범위에 맞춘 모식값이고, 콜로니 수는 우연에 따라 흔들린다.

  1. 탐구 문제해파리의 초록 형광 단백질(GFP) 유전자가 든 플라스미드를 대장균에 넣으려 한다. 수억 마리 가운데 아주 일부만 플라스미드를 받아들인다면, 받아들인 세균만 어떻게 골라내고, 정말 들어갔는지 어떻게 확인할까?
  2. 복원형질 전환은 세포가 밖의 DNA를 받아들여 형질이 바뀌는 현상이다. 플라스미드는 세균 염색체와 따로 복제되는 작은 원형 DNA이다. pGLO에는 암피실린을 분해하는 효소 유전자(bla)와, 아라비노스가 있을 때만 전사되도록 조절되는 GFP 유전자가 들어 있다.
  3. 설계Ca²⁺은 음전하를 띤 DNA와 세포막 사이의 반발을 줄여 DNA가 막에 붙게 하고(컴피턴트 세포), 얼음에서 42 °C로 옮기는 짧은 열 충격이 막을 통해 DNA가 들어가게 돕는다. 플라스미드를 넣지 않은 세포(−pGLO)를 대조군으로 함께 키운다. LB만 있는 평판은 세포가 살아 있는지, 암피실린 평판은 플라스미드가 들어갔는지, 아라비노스 평판은 유전자가 발현되는지를 확인한다.
  4. 분석① 콜로니는 흰색, ② 콜로니는 자외선에서 초록빛, ③ 없음, ④ 잔디처럼 빽빽하다. ①②의 콜로니 하나하나는 형질 전환된 세포 하나에서 자란 것이다. 효율 = 콜로니 수 / 평판에 펼친 DNA(μg)으로 계산한다. ①과 ②의 콜로니 수가 비슷한 것은 아라비노스가 생존이 아니라 GFP 발현만 바꾸기 때문이다.
  5. 측정예측을 고른 뒤 기본 조건으로 배양하고 비교해 보자. 그다음 열 충격 시간을 0~120초로 바꾸며 효율을 기록하고, CaCl₂나 얼음 단계를 빼 보자. 50 °C에서는 어떻게 되는가? 자외선을 비춰 빛나는 평판도 확인해 보자.
  6. 오차·안전③에 콜로니가 생기면 오염이나 암피실린 분해(오래 둔 평판, 위성 콜로니)를 의심한다. 형질 전환한 대장균은 유전자 변형 생물체(LMO)이므로 신고한 실험실에서만 다루고, 실험 기록(관리 대장)을 남긴다. 실험에 쓰는 대장균 K-12 계열은 병원성이 거의 없는 1등급(BL1) 생물이지만, 쓴 고리·평판·튜브는 모두 고압 증기 멸균(121 °C, 15분 이상)하거나 소독약으로 처리한 뒤 버린다. 자외선은 눈과 피부에 해로우므로 보호 안경을 쓰고 잠깐만 비춘다.

확인조건이 달라지면

플라스미드를 넣은 세포를 LB/amp 평판에 펼쳤는데 콜로니가 하나도 없고, 같은 세포를 LB 평판에 펼쳤더니 잔디처럼 자랐다. 가장 알맞은 해석은?

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