나뭇잎 교과서

핵산과 단백질

세포가 하는 일의 대부분은 단백질이 하고, 어떤 단백질을 만들지는 핵산이 정합니다. 두 물질 모두 작은 단위가 한 줄로 이어진 사슬입니다. 단위가 이어지는 방식, 사슬이 접히는 방식, 두 가닥이 짝을 짓는 방식이 각각의 기능과 어떻게 연결되는지 살펴봅니다.

본문

핵산과 단백질

본문

1950년 샤가프는 여러 생물의 DNA를 분석했다. 염기의 비율은 생물마다 달랐다. 사람은 A가 약 30%, 대장균은 약 25%였다. 그런데 어느 생물이든 A와 T의 양이 같았고, G와 C의 양도 같았다. 이 규칙은 무엇을 뜻할까? 그리고 DNA와 단백질은 작은 단위를 어떻게 이어 붙여 생명의 정보와 일꾼이 될까?

그림 1. 이중 가닥 DNA의 염기 조성. A의 비율을 정하면 T는 같고, G와 C는 나머지를 반씩 나눈다. G–C 쌍은 수소 결합이 3개라 비율이 높을수록 이중 나선이 단단하다.
먼저 알아야 할 것단위체와 중합체, 수소 결합(화학), 탄수화물과 지질(탄수화물과 지질), 펩타이드 결합.

1.2.1핵산의 구조

핵산은 뉴클레오타이드가 길게 이어진 중합체이다. 뉴클레오타이드는 인산, 5탄당, 염기로 되어 있다. DNA의 당은 디옥시리보스, 염기는 A, G, C, T이고, RNA의 당은 리보스, 염기는 T 대신 U이다. 한 뉴클레오타이드의 인산이 다음 뉴클레오타이드의 당과 결합하여 당−인산의 뼈대를 이루고, 염기는 뼈대 옆으로 튀어나와 순서대로 늘어선다. 이 염기의 순서가 유전 정보이다.

정리 1.2.1 상보적 염기 쌍

DNA는 두 가닥이 마주 보고 꼬인 이중 나선이며, A는 T와 수소 결합 2개로, G는 C와 수소 결합 3개로 짝을 짓는다. 따라서 이중 가닥 DNA에서 \(\text{A} = \text{T}\), \(\text{G} = \text{C}\)이고 \(\text{A} + \text{G} = \text{T} + \text{C} = 50\%\)이다.

샤가프의 규칙은 바로 이 짝짓기의 결과였다. 한쪽 가닥에 A가 있는 자리마다 맞은편에는 반드시 T가 있으므로 두 양이 같다. 그림 1에서 A의 비율을 바꾸어 보자. 사람처럼 A가 30%이면 T도 30%이고 G와 C는 각각 20%이다. 왓슨과 크릭은 이 자료와 X선 회절 사진을 합쳐 1953년 이중 나선 구조를 밝혔다.1

1.2.2단백질

단백질은 20가지 아미노산이 펩타이드 결합으로 이어진 중합체이다. 한 아미노산의 카복실기와 다음 아미노산의 아미노기에서 물이 빠지며 결합한다. 아미노산이 몇 개 어떤 순서로 이어지는지가 1차 구조이며, 사슬이 나선이나 병풍 모양으로 접히고(2차), 전체가 입체적으로 뭉쳐(3차) 고유한 모양을 갖는다. 그 모양이 효소, 항체, 운반체 같은 기능을 정한다. 그래서 열이나 산으로 모양이 망가지면 기능을 잃는데, 이를 변성이라 한다.

중합체단위체결합하는 일 DNA, RNA뉴클레오타이드 4종당−인산 결합유전 정보 저장 단백질아미노산 20종펩타이드 결합효소, 구조, 운반
그림 2. 핵산은 네 가지 단위로 정보를 쓰고, 단백질은 스무 가지 단위로 다양한 모양을 만든다.

1.2.3예제 풀이

예제 1.2.2

어떤 이중 가닥 DNA에서 G의 비율이 22%이다. 나머지 염기의 비율을 구하여라. 이 DNA 1000 염기쌍에는 염기 사이의 수소 결합이 모두 몇 개 있는가?

G = C이므로 C도 22%이다. A와 T는 나머지 56%를 반씩 나누어 각각 28%이다.

1000 염기쌍은 염기 2000개이므로 G–C 쌍은 \(2000 \times 0.22 = 440\)쌍, A–T 쌍은 \(2000 \times 0.28 = 560\)쌍이다. 수소 결합은 \(440 \times 3 + 560 \times 2 = 1320 + 1120 = 2440\)개이다. 그래서 G–C 비율이 높은 DNA일수록 두 가닥을 떼어 놓는 데 더 높은 온도가 필요하다. 뜨거운 온천에 사는 세균의 DNA는 G–C 비율이 높은 경우가 많다.

아래 탐구 카드에서 생물마다 다른 DNA에서 A와 T의 양이 같은 까닭과, 아미노산 한 줄이 일하는 단백질이 되는 과정을 살펴보자.

  1. 한 가닥만 있는 RNA나 일부 바이러스의 단일 가닥 DNA에서는 짝이 없으므로 A와 T(U)의 양이 같지 않다. 샤가프 법칙은 이중 가닥에서만 성립한다.
마무리

핵산은 뉴클레오타이드가 당−인산 뼈대로 이어진 중합체이며, DNA의 두 가닥은 A–T, G–C로 상보적으로 짝을 짓는다. 단백질은 아미노산이 펩타이드 결합으로 이어져 접힌 모양으로 기능한다. 그래서 처음 질문의 A와 T의 양이 늘 같은 것은 이중 가닥 DNA에서 A의 맞은편에 반드시 T가 짝지어 있기 때문이다.

탐구 1

단백질과 DNA는 작은 단위를 어떻게 이어 붙일까?

아미노산 · 뉴클레오타이드 · 서열의 다양성
만들 것
—
—
—
—
—
—
가능한 서열 수
—

단백질을 이루는 아미노산은 20종이며, 여기서는 그 가운데 6종만 버튼으로 두었다. 사슬의 모양은 모식이고, 실제 단백질은 접혀서 입체 구조를 이룬다. 최대 12개까지 이을 수 있다.

  1. 질문사람 몸에는 수만 종류의 단백질이 있다. 그런데 단백질을 이루는 아미노산은 20종뿐이다. 적은 종류의 단위로 어떻게 그렇게 많은 물질을 만들까?
  2. 복원탄소는 결합을 4개 만들 수 있어 다른 원자와 사슬, 고리 모양으로 길게 이어진다. 그래서 생명체의 큰 분자는 대부분 작은 단위체가 반복해서 이어진 중합체이다.
  3. 설명아미노산은 한쪽 끝의 카복실기(−COOH)와 다음 아미노산의 아미노기(−NH₂)가 만나 물 한 분자가 빠지며 펩타이드 결합으로 이어진다. 한편 DNA는 당, 인산, 염기로 된 뉴클레오타이드가 당과 인산을 번갈아 이어 긴 가닥을 이루고, 두 가닥의 염기가 A와 T, G와 C로 짝지어 수소 결합한다.
  4. 연결단위 n개를 이으면 결합은 n − 1개이다. 그런데 서열의 가짓수는 단위 종류의 n제곱이라, 아미노산 10개짜리 사슬만 해도 20¹⁰ ≈ 10조 가지이다. 그래서 무엇이 어떤 순서로 이어졌는가가 단백질의 모양과 기능을, DNA에서는 유전 정보를 정한다.
  5. 적용아미노산을 몇 개 이어 보고 빠져나온 물 분자가 결합 수와 같은지 세어 보자. DNA로 바꿔서 한 가닥을 만들면 맞은편 가닥은 짝짓기 규칙으로 저절로 정해진다. A와 T의 개수, G와 C의 개수도 비교해 보자.
  6. 판단규산염 광물과 생명체의 분자는 ‘단위체를 규칙적으로 잇는다’는 점에서는 닮았지만 다른 점도 있다. 광물은 같은 단위가 규칙적으로 반복되어 구조가 정해지고, 단백질과 DNA는 단위의 순서 자체가 정보가 된다. 또 DNA의 A = T, G = C는 두 가닥을 합쳐 셀 때 성립하고, 한 가닥만 보면 성립하지 않는다.

확인조건이 달라지면

아미노산 100개가 한 줄로 이어진 단백질이 만들어질 때 빠져나오는 물 분자의 수는?

탐구 2

생물마다 DNA는 다른데, 왜 A와 T의 양은 늘 같을까?

핵산의 구조 · 염기 조성 실측값
A ÷ T
—
G ÷ C
—
(A+T) ÷ (G+C)
—
수소 결합/100 염기쌍
—

막대는 DNA 전체의 염기 비율(몰 %) 측정값으로, 자료에 따라 소수점 아래가 조금씩 다르다. 위의 사다리는 그 비율로 만든 16염기쌍짜리 예시 조각이며 실제 서열이 아니다.

  1. 질문1950년 무렵 샤가프는 여러 생물의 DNA를 분해해 네 염기의 양을 쟀다. 생물마다 비율은 제각각이었는데, 어떤 생물에서나 성립하는 규칙이 하나 있었다. 무엇일까?
  2. 복원DNA와 RNA는 뉴클레오타이드가 길게 이어진 핵산이다. 뉴클레오타이드는 인산, 5탄당, 염기로 이루어지고, 한 뉴클레오타이드의 당과 다음 뉴클레오타이드의 인산이 결합해 당–인산 뼈대를 만들며, 염기는 뼈대 옆으로 튀어나와 있다.
  3. 설명DNA는 두 가닥이 마주 보며 꼬인 이중 나선이다. 두 가닥의 염기는 A는 T와, G는 C와만 수소 결합으로 짝을 짓고(상보적 결합), A–T 사이에는 수소 결합이 2개, G–C 사이에는 3개이다. 그래서 이중 가닥 DNA 전체를 세면 A의 수와 T의 수, G의 수와 C의 수가 같을 수밖에 없다.
  4. 연결두 가닥은 방향도 반대이다(역평행). 한 가닥의 서열만 알면 다른 가닥의 서열이 정해지므로, DNA는 복제할 때 각 가닥을 틀로 새 가닥을 만든다. 반면 RNA는 당이 리보스이고 T 대신 U를 가지며 대개 한 가닥이라 이 규칙이 성립하지 않는다.
  5. 적용생물을 바꿔 가며 A ÷ T와 G ÷ C, 그리고 (A+T) ÷ (G+C)를 비교해 어느 값이 생물마다 달라지는지 보자. φX174 바이러스에서는 무엇이 다른지, ‘직접 만들기’에서 G+C 비율을 올리면 수소 결합 수가 어떻게 되는지도 확인해 보자.
  6. 판단A = T, G = C는 이중 가닥 DNA 전체에서 성립하는 관계이지, 네 염기가 25 %씩 같다는 뜻이 아니다. 또 측정값이 정확히 1.00이 아닌 것은 측정 오차 때문이다. 샤가프의 자료는 그 자체로 이중 나선을 증명하지는 않았지만, 1953년 왓슨과 크릭이 염기쌍 모형을 세울 때 중요한 근거가 되었다.

확인조건이 달라지면

어떤 세균의 이중 가닥 DNA에서 G가 전체 염기의 35 %였다. 이 DNA에서 A는 몇 %일까?

읽기 3

아미노산 한 줄이 어떻게 일하는 단백질이 될까?

읽기 · 단백질의 구조 단계, 핵산의 종류

달걀흰자를 익히면 투명한 액체가 하얀 고체로 바뀐다. 아미노산 하나 빠지지 않았는데 성질이 완전히 달라진 것이다. 즉 단백질의 기능은 무엇이 이어졌는지뿐 아니라 어떻게 접혔는지에 달려 있다.

1단백질의 네 단계 구조

아미노산은 가운데 탄소에 아미노기(−NH₂), 카복실기(−COOH), 수소, 그리고 종류마다 다른 곁사슬(R)이 붙은 분자이고, 생물이 단백질을 만드는 데 쓰는 아미노산은 20종이다. 한 아미노산의 카복실기와 다음 아미노산의 아미노기 사이에서 물이 빠지며 펩타이드 결합이 생긴다.

단계무엇이 정하나예
1차 구조아미노산의 배열 순서 (펩타이드 결합)인슐린 B 사슬 30개 아미노산의 순서
2차 구조뼈대의 N−H와 C=O 사이 수소 결합으로 생기는 규칙적인 부분 모양α 나선, β 병풍 구조
3차 구조곁사슬끼리의 상호 작용(소수성 곁사슬은 안쪽으로, 이온 결합, 이황화 결합 등)으로 생기는 사슬 전체의 입체 모양마이오글로빈
4차 구조여러 폴리펩타이드 사슬이 모여 이루는 구조헤모글로빈 (사슬 4개)

1차 구조가 정해지면 대부분의 단백질은 물속에서 저절로 가장 안정한 모양으로 접힌다. 그래서 1차 구조 하나가 바뀌면 기능이 바뀔 수 있는데, 헤모글로빈 β 사슬의 6번째 아미노산이 글루탐산에서 발린으로 바뀌면 산소가 적을 때 헤모글로빈끼리 달라붙어 적혈구가 낫 모양으로 변한다(낫 모양 적혈구 빈혈증).

한편 열, 강한 산이나 염기, 일부 화학 물질은 2~4차 구조를 이루는 약한 결합을 끊는다. 그러면 1차 구조는 남아도 입체 모양이 무너져 기능을 잃는데, 이를 변성이라고 한다. 익힌 달걀흰자가 다시 투명해지지 않듯, 변성은 대개 되돌아가지 않는다.

기능단백질 예
화학 반응 촉매아밀레이스, DNA 중합 효소
운반헤모글로빈(산소), 막의 운반체 단백질(포도당, 이온)
구조 지지콜라젠(힘줄, 피부), 케라틴(머리카락, 손톱)
방어항체
신호 전달인슐린 같은 호르몬, 세포막의 수용체
운동액틴, 마이오신(근육 수축)

2핵산인 DNA와 RNA

핵산의 단위는 인산 1개, 5탄당 1개, 염기 1개로 이루어진 뉴클레오타이드이다.

DNARNA
5탄당디옥시리보스리보스
염기A, G, C, TA, G, C, U
가닥보통 두 가닥 (이중 나선)보통 한 가닥
주로 있는 곳핵 (미토콘드리아, 엽록체에도 조금)핵에서 만들어져 세포질에서 일함
기능유전 정보를 저장하고 복제를 통해 전달mRNA는 정보 전달, tRNA는 아미노산 운반, rRNA는 리보솜 구성

DNA에 적힌 염기 서열은 mRNA로 옮겨지고(전사), 리보솜에서 아미노산 서열로 바뀐다(번역). 그래서 핵산의 서열이 단백질의 1차 구조를 정하고, 1차 구조가 단백질의 모양과 기능을 정하는 셈이다. 한편 ATP도 리보스, 아데닌, 인산 3개로 된 뉴클레오타이드의 한 종류이다.

판단단백질을 영양소라고만 기억하면 세포 속 단백질의 역할을 놓친다. 단백질은 먹어서 에너지를 얻는 물질이기 전에, 세포의 거의 모든 일을 실제로 수행하는 분자이기 때문이다. 또 ‘1차 구조가 모양을 정한다’는 원칙에도 한계가 있어서, 세포 속에서는 샤페론이라는 단백질이 다른 단백질이 잘못 접히지 않도록 돕기도 한다.

확인조건이 달라지면

어떤 효소를 강한 산에 잠깐 담갔다가 꺼냈더니 활성이 사라졌다. 이 효소에서 그대로 남아 있을 가능성이 가장 큰 것은?

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