나뭇잎 교과서

효소의 작용 기작

효소가 없으면 세포 속 반응은 너무 느려 생명을 유지할 수 없습니다. 선천적으로 효소 하나가 부족하기만 해도 페닐케톤뇨증처럼 몸 전체에 문제가 생깁니다. 효소가 어떻게 반응을 빠르게 하는지, 왜 한 가지 기질에만 작용하는지, 그리고 세포와 약이 효소의 작용을 어떻게 멈추거나 조절하는지 알아봅니다.

본문

효소의 작용 기작

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메탄올을 마시면 간의 효소가 이를 독성 물질로 바꾸어 눈이 멀거나 목숨을 잃을 수 있다. 그런데 응급실에서는 에탄올을 주사하여 치료하기도 한다. 에탄올이 같은 효소의 활성 부위를 차지하여 메탄올이 분해되지 못하게 막기 때문이다. 이렇게 효소를 방해하는 물질을 저해제라 한다. 기질을 더 넣으면 저해제를 이길 수 있을까? 저해제의 종류에 따라 답이 다르다.

그림 1. 기질 농도에 따른 효소 반응 속도. 경쟁적 저해제가 있으면 곡선이 오른쪽으로 밀리지만 기질을 많이 넣으면 최대 속도에 다가간다. 비경쟁적 저해제는 최대 속도 자체를 낮춘다.
먼저 알아야 할 것효소의 특성과 기질 특이성(효소의 종류와 특성), 단백질의 입체 구조, 운반체의 포화(세포막과 물질 수송).

2.4.1효소–기질 복합체

효소의 활성 부위에 기질이 결합하면 효소–기질 복합체가 된다. 효소는 기질의 결합을 비틀거나 반응할 원자들을 알맞은 방향으로 모아 활성화 에너지를 낮추고, 생성물이 떨어져 나가면 다시 다음 기질을 받는다. 기질이 결합할 때 활성 부위의 모양이 기질에 맞게 조금 바뀌는데, 이를 유도 적합이라 한다.

정리 2.4.1 기질 농도와 반응 속도

효소의 양이 일정할 때 기질 농도가 낮으면 반응 속도는 기질 농도에 거의 비례하고, 기질 농도가 높아지면 모든 효소가 기질과 결합하여 반응 속도가 최대 속도에 다가간다. 최대 속도의 절반이 되는 기질 농도를 \(K_m\)이라 한다.

그림 1에서 저해제를 없앤 채 기질 농도를 늘려 보자. 처음에는 속도가 빠르게 늘지만, 기질이 20 mM을 넘으면 거의 늘지 않는다. 효소가 모두 바빠졌기 때문이다. 세포막 운반체가 포화되는 것과 같은 원리이다.

2.4.2경쟁적 저해와 비경쟁적 저해

경쟁적 저해제는 기질과 모양이 비슷하여 활성 부위에 대신 결합한다. 기질과 자리를 다투므로 기질을 많이 넣으면 기질이 이길 확률이 커져 최대 속도에 다가갈 수 있다. 비경쟁적 저해제는 활성 부위가 아닌 다른 곳에 결합하여 효소의 모양을 바꾼다. 그러면 기질이 붙어도 반응이 일어나지 않으므로, 기질을 아무리 넣어도 최대 속도가 낮아진 채로 머문다.1

저해제결합 위치기질을 늘리면최대 속도 경쟁적활성 부위저해가 줄어듦그대로 비경쟁적다른 자리저해가 남음낮아짐
그림 2. 기질을 늘려 저해를 이길 수 있는지로 두 저해제를 구별한다.

2.4.3예제 풀이

예제 2.4.2

그림 1의 효소는 저해제가 없을 때 속도가 \(v = \dfrac{100S}{2 + S}\)(최대의 %, \(S\)는 mM)이다. 경쟁적 저해제가 있으면 \(K_m\)이 3배가 되어 \(v = \dfrac{100S}{6 + S}\)이다. 기질 4 mM과 40 mM에서 저해제가 있을 때와 없을 때의 속도를 비교하여라.

기질 4 mM에서는 저해제가 없으면 \(\dfrac{400}{6} \approx 67\%\), 있으면 \(\dfrac{400}{10} = 40\%\)이다. 저해제가 속도를 40% 정도 줄였다.

기질 40 mM에서는 없으면 \(\dfrac{4000}{42} \approx 95\%\), 있으면 \(\dfrac{4000}{46} \approx 87\%\)이다. 차이가 8%로 줄었다. 즉 기질을 10배 늘리자 경쟁적 저해제의 영향이 크게 줄었다. 메탄올 중독에 에탄올을 쓰는 것도 같은 원리이다. 에탄올을 기질처럼 많이 넣어 효소를 차지하게 하면, 메탄올은 독성 물질로 바뀌지 못하고 오줌으로 천천히 빠져나간다.

아래 탐구 카드에서 효소가 특정 물질에만 작용하는 까닭과, 기질을 더 넣어 저해제를 이길 수 있는지 직접 확인해 보자.

  1. 세포는 반응 경로의 최종 생성물이 첫 단계의 효소에 비경쟁적으로 결합하여 활성을 낮추는 방식으로 생산량을 조절한다. 이를 되먹임 저해라 한다.
마무리

효소는 활성 부위에 기질이 결합한 효소–기질 복합체를 거쳐 반응을 촉매하며, 기질 농도가 높아지면 반응 속도가 최대 속도에서 포화된다. 그래서 처음 질문의 답은 저해제에 따라 다르다. 활성 부위를 다투는 경쟁적 저해제는 기질을 많이 넣으면 이길 수 있지만, 다른 자리에 붙어 모양을 바꾸는 비경쟁적 저해제는 이길 수 없다.

탐구 1

효소는 반응을 어떻게 빠르게 할까?

활성화 에너지 · 로그 눈금 · 모식
넘는 비율 · 효소 없음
—
넘는 비율 · 효소 있음
—
빨라지는 정도
—
효소 없이 같은 빠르기를 내려면
—

체온 37 °C에서 문턱을 넘을 만큼 에너지가 큰 충돌의 비율을 e−Ea/RT(e는 약 2.718인 수로, 미적분Ⅱ에서 배운다)로 계산했다. 다른 조건은 모두 같다고 둔 모식이며, 특정 반응의 실제 값이 아니다. 오른쪽 막대는 로그 눈금이다.

  1. 질문녹말을 물에 넣어 두면 몇 년이 지나도 거의 포도당으로 분해되지 않는다. 그런데 몸속에서는 같은 반응이 체온에서 금세 일어난다. 효소는 무엇을 바꾸는 걸까?
  2. 복원반응이 일어나려면 분자들이 충돌해야 하고, 그 충돌이 넘어야 할 에너지 문턱이 있다. 반응에 필요한 이 최소한의 에너지가 활성화 에너지이다.
  3. 설명같은 온도에서도 분자마다 가진 에너지는 제각각이다. 그리고 문턱을 넘을 만큼 에너지가 큰 충돌의 비율은 문턱이 일정한 양만큼 낮아질 때마다 같은 배수로 늘어난다. 그래서 문턱이 조금만 낮아져도 그 비율이 몇 배, 몇 만 배로 늘어난다.
  4. 연결효소는 기질과 결합해 활성화 에너지가 더 낮은 다른 경로를 만든다. 하지만 반응물과 생성물의 에너지, 곧 반응열은 바꾸지 않는다. 그림에서 두 곡선의 양 끝이 같은 높이인 까닭이다.
  5. 적용효소가 낮추는 에너지를 0에서 조금씩 올려 보자. 10 kJ/mol을 낮출 때마다 반응이 같은 배수씩 빨라지는 것이 보인다. 기본값에서 효소 없이 온도만 올려 같은 빠르기를 내려면 몇 °C가 필요한지도 확인해 보자.
  6. 판단온도를 올려도 반응은 빨라지지만, 세포는 수백 °C를 견딜 수 없다. 또 효소도 단백질이어서 온도가 너무 높으면 입체 구조가 망가져(변성) 기능을 잃는다. 이 그림은 효소가 늘 작동한다고 보고 에너지 문턱만 비교했으므로, 효소의 최적 온도는 나타나지 않는다.

확인조건이 달라지면

어떤 반응에 효소를 넣었더니 반응 속도가 100만 배 빨라졌다. 반응이 끝날 때까지 방출되는 에너지(반응열)는 효소가 없을 때와 비교해 어떨까?

탐구 2

효소는 왜 특정 물질에만 작용할까?

활성 부위 · 기질 특이성 · 모식

효소

기질

  1. 질문녹말과 셀룰로스는 둘 다 포도당 수천 개가 이어진 물질이다. 그런데 사람은 밥의 녹말은 소화하면서 채소 섬유의 셀룰로스는 왜 소화하지 못할까?
  2. 복원효소는 생물이 만드는 단백질 촉매이다. 효소가 작용하는 물질을 기질이라 하고, 기질이 결합하는 효소의 오목한 자리를 활성 부위라고 한다.
  3. 설명활성 부위는 정해진 입체 구조를 가져서, 모양과 성질이 맞는 기질하고만 결합한다. 이것이 효소의 기질 특이성이다. 그런데 녹말과 셀룰로스는 같은 포도당으로 이루어졌지만 이어진 방식(α 결합, β 결합)이 달라 분자 모양이 다르다. 그래서 녹말을 분해하는 효소가 셀룰로스에는 맞지 않는다.
  4. 연결여기 나온 효소는 모두 물 분자를 써서 결합을 끊는 가수 분해 효소이다. 반응이 끝나도 효소 자신은 변하지 않아, 다시 다른 기질과 결합한다.
  5. 적용효소와 기질을 골라 ‘만나게 하기’를 누르며 아래 표를 채워 보자. 분해가 일어나는 칸은 효소와 기질이 짝이 맞는 칸뿐이다. 셀룰레이스가 없는 사람에게서 셀룰로스가 어떻게 되는지도 생각해 보자.
  6. 판단자물쇠와 열쇠처럼 딱 맞는 그림은 모식이다. 실제 효소는 기질이 결합하는 동안 활성 부위 모양이 조금 바뀌어 더 꼭 맞게 된다(유도 적합). 또 특이성의 정도도 효소마다 달라서, 비슷한 기질 여러 가지에 작용하는 효소도 있다. 한편 소화되지 않은 셀룰로스는 쓸모없는 것이 아니라 식이 섬유로서 장의 운동을 돕는다.

확인조건이 달라지면

어떤 사람은 소장에서 락테이스를 거의 만들지 못한다. 이 사람이 소장에서 분해하기 어려운 것은?

탐구 3

기질을 더 넣으면 저해제를 이길 수 있을까?

효소–기질 복합체 · 경쟁적·비경쟁적 저해 · 모식 모형
반응 속도 (최대의 %)
—
저해제 없을 때보다
—
기질이 붙은 효소
—

미하엘리스–멘텐 식으로 계산한 모식 모형이다. Km(최대 속도의 절반이 되는 기질 농도) = 2, 저해제의 해리 상수 Ki = 1로 두었고 농도는 상대값이며, 위 그림의 효소 여덟 개는 비율을 보여 주는 표본이다.

  1. 질문메탄올을 마신 환자에게 의사가 에탄올을 주사하기도 한다. 독을 치료하는 데 왜 술 성분을 쓸까?
  2. 복원효소는 기질과 결합해 효소–기질 복합체를 만들고, 활성 부위에서 반응이 일어난 뒤 생성물을 내놓으며, 그대로 남아 다음 기질과 결합한다. 그래서 기질이 많아지면 반응이 빨라지다가, 모든 효소가 복합체 상태가 되면 최대 속도에 이른다.
  3. 설명경쟁적 저해제는 기질과 모양이 비슷해 활성 부위를 두고 기질과 경쟁하므로, 기질을 아주 많이 넣으면 저해제가 밀려나 최대 속도에 다시 가까워진다. 반면 비경쟁적 저해제는 활성 부위가 아닌 다른 자리에 결합해 효소의 모양을 바꾸고, 저해제가 붙은 효소는 기질이 아무리 많아도 일하지 못하므로 최대 속도 자체가 낮아진다.
  4. 연결메탄올은 알코올 탈수소 효소에 의해 독성이 강한 폼알데하이드로 바뀐다. 그런데 에탄올은 같은 효소의 활성 부위를 두고 메탄올과 경쟁하므로, 메탄올이 독성 물질로 바뀌기 전에 몸 밖으로 빠져나갈 시간을 번다. 세포는 저해를 조절에도 쓰는데, 여러 단계 반응의 최종 산물이 첫 단계 효소의 다른 자리에 붙어 반응을 멈추는 되먹임 억제가 그 예이다.
  5. 적용경쟁적 저해제를 고르고 기질 농도를 끝까지 올려, 저해제가 없을 때와의 차이가 어떻게 되는지 보자. 그리고 비경쟁적 저해제에서 같은 일을 하면 어떻게 되는지, 저해제 농도를 올렸을 때 두 곡선이 어떻게 달라지는지 비교해 보자.
  6. 판단저해제를 모두 독으로 볼 필요는 없어서, 많은 약이 효소 저해제이다. 아스피린은 염증 물질을 만드는 효소를, 페니실린은 세균의 세포벽 합성 효소를 저해한다. 한편 이 카드의 저해제는 효소에 붙었다 떨어지는 가역적 저해제이고, 신경 가스처럼 효소와 공유 결합해 떨어지지 않는 비가역적 저해제는 기질을 늘려도 효과가 되돌아오지 않는다.

확인조건이 달라지면

어떤 물질 X를 넣었더니 효소 반응이 느려졌다. 기질 농도를 10배로 올리자 X가 없을 때와 거의 같은 속도가 되었다. X에 대한 설명으로 가장 알맞은 것은?

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